Neben der graphischen Benutzer-Schnittstelle (HMC GUI) bietet die HMC auch eine Kommandozeilen-Schnittstelle (CLI) an. Mit einigen wenigen Ausnahmen kann über die CLI alles konfiguriert werden, was auch über die HMC GUI konfiguriert werden kann.

Auf die HMC CLI kann bei physikalischen HMCs direkt über die Konsole der HMC zugegriffen werden. Zusätzlich kann bei allen HMCs (virtuell und physikalisch) mittels OpenSSH von einem entfernten Rechner zugegriffen werden. Beim Login mit OpenSSH bekommt der Benutzer eine sogenannte restricted Shell. Diese erlaubt nur den Zugriff auf die Kommandos der HMC CLI und einige wenige Shell-Kommandos.